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『서울대저널』의 시작인『우리세대』의 전신은 ‘21세기 진보학생연합(21세기)’이라는 학생정치조직의 기관지였던 「자주관악」이다. 「자주관악」은 95년 5월 『우리세대』로 제호를 변경함과 동시에 새로이 첫호를 발행하는데 이것이 오늘의 『서울대저널』로 연결되고 있다. 95년 『우리세대』는 여전히 총학생회 기관지였으나 언제나처럼 ‘노동’과 ‘통일’로 지면을 채우는 데서 벗어나기 시작한다. 『우리세대』는 97년, 발행기관이었던 총학생회로부터 전면 독립했다. 위의 『우리세대』 16호는 따라서 자치언론사 『우리세대』가 내는 네 번째 책인 셈이다. 16호의 커버스토리는 97년 상반기, 유례없이 극심했던 학생 운동을 향한 탄압에 대해 다루고 있다.『우리세대』26호의 커버스토리에 등장한 사람은 김민수 교수다. 지난 해 마무리됐던 김민수 교수의 재임용 논란은 이 때부터 시작된 것이다. 『우리세대』는 26호에서 이 문제와 관련해 교수임용과 관련한 교수사회의 다양한 문제점들을 짚어 봤다.1999년 마지막 달. 『우리세대』 35호는 새 천년의 문턱에서 20세기의 진보적 가치에 대해 질문하고 있다. 표지의 사진은 왼쪽으로부터 쓰러진 레닌 동상, 한국전쟁 당시 피난민 행렬, 기아로 죽어가고 있는 어린이를 지켜보는 독수리다.47호에서 『우리세대』는 드디어 『서울대저널』로 제호를 바꾼다. 여기에는 ‘서울대’와 ‘저널’이 무엇인가에 대한 고민과 함께 자치언론사로서의 느낌을 한층 강화하려는 노력이 엿보인다. 표지 역시 『서울대저널』이란 글씨만을 강조하고 있다.50호에서 의 표지모델은 당시 민주노동당 대표 권영길이다. 50호를 맞이하며 ‘진보’를 고민해 본 『서울대저널』은 권영길을 포함해 당시 민주당 의원이었던 노무현, 그리고 박노해 시인, 강준만교수 등을 만났다. 60호의 표지에는 법대 양현아 교수의 사진이 실려 있다. 서울대 법대 설립 57년 만에 처음, 여성으로 당당히 교수가 된 그녀의 평소 여성주의적 가치관에 대해 들어볼 수 있었다. 양현아 교수의 법여성학 관련 강의는 요즘도 인기강좌다.73호의 커버스토리는 ‘일본, 여론을 알아보다’ 이다. 일본 역사 교과서, 독도 문제가 한반도를 뜨겁게 달구던 그 때 일본의 ‘진짜’ 여론을 알기 위해 기자가 직접 일본까지 달려가는 성의를 보인 기사다. 이때를 기점으로 지금까지 『서울대저널』에는 국제 기사가 꾸준히 등장하고 있다.